高新技術企業(yè)認定的弊端，其實幾乎不存在，無非就是偶爾查賬，政府不查賬，查賬的是稅務局，稅務局一般情況下只有舉報或者金稅三期大數(shù)據(jù)彈出異常才會查，所以說非常低的概率會因為高新認定導致查賬。而且，查賬能叫隱患嗎，企業(yè)要想做大做強誠信和規(guī)范是缺一不可的，大多數(shù)企業(yè)都是希望獲得高新技術企業(yè)認定的，因為好處實在太多。
1.推動企業(yè)科技轉型
創(chuàng)新是企業(yè)發(fā)展的根本動力，而高新認定政策是一項引導性政策，旨在引導企業(yè)調整產業(yè)結構，進行自主創(chuàng)新，持續(xù)創(chuàng)新的發(fā)展道路，激發(fā)企業(yè)自主創(chuàng)新的積極性，提高企業(yè)的科技創(chuàng)新能力。
2.提升企業(yè)的品牌形象
成為高新技術企業(yè)說明企業(yè)負責人具有較強的創(chuàng)新意識，較高的市場開拓能力和經營管理水平，也說明該企業(yè)是國家重點扶持的高成長性企業(yè)，具有良好的潛在經濟效益。
3.享受稅收優(yōu)惠政策
(1)高新技術企業(yè)，企業(yè)所得稅稅率降低10%，享受15%的優(yōu)惠稅率。
(2)研發(fā)費用不形成無形資產，計入當期損益的，按實際發(fā)生額的75%在稅前加計扣除;形成無形資產的，按無形資產成本的175%在稅前攤銷(稅前加計扣除比例越高，稅前扣除額越高，納稅額越少)。
4.提升企業(yè)市場價值
高新技術企業(yè)證明企業(yè)在所屬領域中具有較強的技術創(chuàng)新能力和高端技術開發(fā)能力，有利于企業(yè)開拓國內外市場;也是投標的重要條件。
5.提升企業(yè)資本價值
政企采購優(yōu)先選擇高新技術企業(yè)，高新技術企業(yè)是吸引地方政府和行業(yè)組織對企業(yè)實施優(yōu)惠政策和資金支持的重要條件，也使企業(yè)更有吸引風險投資機構和金融機構的實力，幫助企業(yè)快速投入產業(yè)化經營。
6.新三板上市加分
高新技術企業(yè)在新三板上市過程中有加分。
7.其他
申請瞪羚企業(yè)和政府專項資助的必要前提
企業(yè)職工教育經費不超過職工薪金8%的部分，準予稅前扣除。
當銀行收緊貸款政策時，高新技術企業(yè)可以申請無抵押信用貸款。
